UE zmienia sposób śledzenia patogenów w żywności. DNA pomoże znaleźć źródło

Salmonella wykryta u osoby chorej i bakteria znaleziona w żywności mogą wyglądać podobnie. Analiza całego genomu sprawia, że śledzenie patogenów w żywności może być znacznie dokładniejsze – pozwala sprawdzić, czy rzeczywiście mamy do czynienia z tym samym szczepem i czy przypadki mogą mieć wspólne źródło.

W kilku punktach

• Od 23 sierpnia 2026 r. w UE stosuje się nowe przepisy dotyczące danych z sekwencjonowania całogenomowego, czyli WGS.
• Obejmują pięć grup bakterii: Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni i Campylobacter coli.
• Nowe obowiązki dotyczą sytuacji, w których patogen jest związany lub może być związany z ogniskiem choroby przenoszonej przez żywność.
• Właściwe organy państw członkowskich mają wykonywać WGS odpowiednich izolatów i przekazywać wyniki wraz z dodatkowymi informacjami do EFSA.
• Dane pochodzące z żywności, zwierząt, pasz i środowiska mogą być porównywane z danymi dotyczącymi zakażeń u ludzi.
• 2–3 września EFSA organizuje w Rzymie konferencję poświęconą praktycznemu wdrażaniu nowych przepisów.

Kiedy w różnych miejscach pojawiają się przypadki salmonellozy albo listeriozy, jednym z najważniejszych zadań służb jest ustalenie, czy zachorowania są ze sobą powiązane. Samo stwierdzenie obecności tego samego gatunku bakterii nie zawsze wystarcza.

Sekwencjonowanie całogenomowe (Whole Genome Sequencing, WGS) pozwala odczytać materiał genetyczny mikroorganizmu. Dzięki temu można znacznie dokładniej porównywać bakterie wyizolowane od osób chorych z tymi wykrytymi w żywności, u zwierząt, w paszach albo w środowisku związanym z produkcją.

Jeżeli profile genetyczne są bardzo podobne, a informacje epidemiologiczne i dane dotyczące drogi produktu również wskazują na związek, służby otrzymują znacznie mocniejszą podstawę do ustalenia potencjalnego źródła zakażeń.

WGS nie zastępuje więc dochodzenia epidemiologicznego ani śledzenia żywności w łańcuchu dostaw. Dostarcza dodatkowych danych, które pomagają połączyć jego poszczególne elementy.

Nowe zasady wynikają z rozporządzenia wykonawczego Komisji (UE) 2025/179 z 31 stycznia 2025 r. Przepisy zaczęły być stosowane 23 sierpnia 2026 r.

Obejmują Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni i Campylobacter coli. Chodzi o sytuacje, gdy bakterie te są związane lub podejrzewane o związek z ogniskiem choroby przenoszonej przez żywność.

W takich przypadkach właściwy organ państwa członkowskiego ma bez zbędnej zwłoki zebrać odpowiednie izolaty pochodzące z podejrzanej żywności, zwierząt, pasz lub związanego z nimi środowiska. Co najmniej jeden odpowiedni izolat ma zostać poddany sekwencjonowaniu całogenomowemu w laboratorium urzędowym akredytowanym do stosowania tej metody.

Wyniki WGS są następnie przekazywane do Europejskiego Urzędu ds. Bezpieczeństwa Żywności wraz z informacjami pozwalającymi umieścić wynik w odpowiednim kontekście. To m.in. rodzaj patogenu, opis żywności lub innego źródła próbki, data i państwo pobrania oraz – jeśli ma zastosowanie – numer powiadomienia w systemie RASFF i identyfikator badanego ogniska.

Kluczowe znaczenie ma wspólny system One Health WGS, rozwijany przez EFSA i Europejskie Centrum ds. Zapobiegania i Kontroli Chorób (ECDC). Działa on od 2022 r.

System składa się z dwóch połączonych platform. EFSA gromadzi dane genomowe związane z bezpieczeństwem żywności, natomiast ECDC – informacje pochodzące z sektora zdrowia ludzi. Profile mogą być następnie porównywane między obydwoma systemami.

Pozwala to szukać odpowiedzi na bardzo konkretne pytanie: czy bakteria wykryta u osób, które zachorowały, jest genetycznie powiązana z bakterią znalezioną np. w określonej żywności?

Takie porównanie może pomóc w identyfikacji źródła ogniska i partii żywności, które mogą być z nim związane. Samo podobieństwo genomów nie przesądza jednak o źródle zakażenia. Wyniki WGS muszą być analizowane razem z informacjami epidemiologicznymi i danymi dotyczącymi identyfikowalności żywności.

Nowe przepisy dotyczą przede wszystkim obowiązków właściwych organów państw członkowskich, ale uwzględniają również dane znajdujące się w posiadaniu przedsiębiorstw.

Jeżeli firma spożywcza lub paszowa dysponuje odpowiednimi izolatami albo wynikami WGS ze swoich badań, a są one związane lub mogą być związane z badanym ogniskiem, na żądanie właściwego organu ma je przekazać wraz z wymaganymi informacjami.

Ma to znaczenie, ponieważ część danych powstaje poza laboratoriami urzędowymi, podczas kontroli prowadzonych przez same przedsiębiorstwa. Ich wykorzystanie może poszerzyć materiał dostępny podczas dochodzenia.

Jednocześnie właśnie udział przemysłu jest jednym z tematów konferencji „Science Meets Policy: From Regulation to Practice – Turning WGS into Action for Foodborne Outbreak Investigation”, organizowanej przez EFSA w Rzymie 2 i 3 września. W programie znalazły się kwestie techniczne i regulacyjne, współpraca przedsiębiorstw z właściwymi organami oraz koszty wdrażania WGS, szczególnie dla firm dysponujących mniejszymi zasobami.

Choroba przenoszona przez żywność nie musi zatrzymywać się na granicy państwa. Ten sam składnik albo partia żywności może trafić do wielu krajów, a przypadki zakażeń mogą początkowo wyglądać jak niezależne zdarzenia.

Im dokładniejsze są dane o bakteriach wykrywanych w poszczególnych państwach, tym większa możliwość rozpoznania, że zachorowania mają wspólne źródło.

Wspólny system może również przyspieszyć ustalenie, która żywność jest związana z ogniskiem. Ma to znaczenie zarówno dla ochrony zdrowia, jak i dla przedsiębiorstw: szybsze i dokładniejsze wskazanie źródła może ograniczyć konieczność wycofywania z rynku żywności, która nie jest związana ze zdarzeniem.

Nowe przepisy nie oznaczają, że każde wykrycie salmonelli czy listerii będzie automatycznie uruchamiało europejskie dochodzenie genomowe. Obowiązki dotyczą izolatów związanych lub podejrzewanych o związek z ogniskami chorób przenoszonych przez żywność.

Zmienia się natomiast sposób, w jaki informacje z takich dochodzeń mogą być łączone. Zamiast pozostawać wyłącznie w krajowych systemach, dane genomowe dotyczące żywności mogą być zestawiane na poziomie europejskim z informacjami o zakażeniach ludzi. To może pozwolić wcześniej dostrzec związki, których przy tradycyjnym śledzeniu przypadków znacznie trudniej byłoby szukać.

Fot. Drew | Unsplash